Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Luwu Utara dulunya merupakan Pendidikan Guru Agama (PGA) 4 tahun yang dipimpin oleh K.H. Ibrahim. Sekitar tahun 1984 PGA 4 tahun berubah menjadi afliasi MTsN Palopo yang tetap dipimpin oleh K.H. Ibrahim. Setelah kurang lebih 4 tahun menjadi afliasi MTsN Palopo, pada tahun 1988 afliasi MTsN Palopo berganti nama menjadi MTsN Masamba yang pada saat itu digagas oleh K.H. Ibrahim sekaligus menjadi Kepala Madrasah pertama dari MTsN Masamba.

Setelah menjabat selama 9 tahun, pada tahun 1993, K.H. Ibrahim diganti oleh Drs. Muh. Alwi sebagai kepala madrasah sampai dengan tahun 1998. Pada tahun 1998 sampai tahun 2005, MTsN Masamba dikepalai oleh Drs. Muh. Amir. Pada tahun 2005 Drs. Muh. Amir digantikan oleh Drs. Muh. Abdu dan hanya menjabat 1 tahun, yaitu sampai dengan tahun 2006. Pada tahun 2006 Drs. Muh. Abdu digantikan oleh Nassar Mado, S.Ag yang merupakan pindahan dari Provinsi Sulawesi Tengah. Setelah 8 tahun menjabat dari tahun 2006 sampai dengan 2014, Nassar Mado, S.Ag digantikan oleh Muh. Nurdin AN., S.Pd., SH., M.MPd. Pada masa jabatan Muh. Nurdin AN, S.Pd., SH., M.MPd., pada tahun 2016 terjadi perubahan nama madrasah sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 870 tahun 2016 tentang Perubahan Nama Madrasah, dari MTsN Masamba menjadi MTsN Luwu Utara. Pada tahun 2019 Muh. Nurdin AN, S.Pd., SH., M.MPd berpindah menjadi kepala MTsN Palopo dan digantikan oleh Dra. Nurpah, M.MPd hingga sampai saat ini.

MTsN Luwu Utara sejak berdiri merupakan satu-satunya Madrasah Tsanawiyah Negeri yang berada di Kabupaten Luwu Utara. MTsN Luwu Utara sampai sekarang masih tetap mampu bertahan dan berkembang dalam bidang pendidikan demi tercapainya kualitas Sumber Daya Manusia (SDM) yang berilmu pengetahuan dengan dasar keimanan dan ketakwaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa. MTsN Luwu Utara telah banyak meraih prestasi baik dibidang akademik maupun non-akademik. Salah satunya siswa-siswi MTsN Luwu Utara sering menjuarai Kompetisi Sains Madrasah tingkat kabupaten dan mewakili kabupaten Luwu Utara di tingkat Provinsi. Keberadaan MTsN Luwu Utara merupakan salah satu sarana dalam menuntut ilmu keagamaan serta ilmu umum yang dapat didapatkan sekaligus dalam proses kegiatan belajar.